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2016年12月17日，国务院办公厅印发 《关于进一步促进农产品加工业发展的意见》（国办发〔2016〕93号，以下简称《意见》）。
当前，我国农产品加工企业运营成本加大、各种负担比较重、利润空间被压缩，针对这些问题，国办《意见》在财税方面提出了一系列政策措施。比如在财政支持上，要求有关支农资金、支持农产品加工业项目，支持农产品加工业公共设施建设等。产地初加工，专项资金扶持农户和合作社建设贮藏窖、冷藏库和烘干房。农业综合开发资金，以财政补贴和贷款贴息的方式支持合作组织和涉农企业发展建设农产品生产基地建设国家扶贫开发资金扶持项目，对贫困地区带动增收效果明显的农产品加工企业给予支持。国家现代农业发展资金项目，把支持农产品加工、推动建立一批集优势产业生产和加工于一体的产业体系作为一项重要内容。
在税收政策上，扩大农产品增值税进项税额核定扣除试点行业范围，调整完善和明确初加工优惠范围。农产品加工业增值税，通过外购农产品进行加工和销售的企业增值税税率由17%下调到13%。
对于农产品深加工企业，将农产品进项税额扣除率由现行的13%修改为纳税人再销售时货物的适用税率，该项试点在液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油加工行业先行试点后，已下放给各地方税务部门，豆制品等农产品加工企业可以到地方税务部门进行核定。
农产品加工业所得税，企业从事农林牧渔业项目所得可以免征、减征企业所得税。把农产品初加工作列为所得税免征范围。部分进口农产品加工设备免征关税和增值税，引进国内不能生产的先进加工生产设备，按有关规定免征进口关税和进口环节增值税。
农产品出口退税，对农产品出口实行与法定退税率一致的退税政策，出口退税率尚未达到法定征税率的农产品，优先考虑适当提高出口退税率。
